Профессиональная карьера Мандрыкина начиналась в "Алании", за ЦСКА он выступал целых 9 лет – с 2001 по 2010 год. В этот период на правах аренды он также играл за такие команды, как "Спартак" Нальчик, "Ростов", "Динамо" Брянск и "Томь". В составе сборной России в качестве вратаря Вениамин провёл 2 игры.
В ноябре 2010 года экс-футболист попал в серьёзное ДТП на собственном автомобиле – он влетел в дерево на скорости 200 км/ч вместе с четырьмя пассажирами. В результате аварии спортсмен получил перелом позвоночника и повредил спинной мозг, что навсегда лишило его возможности двигаться самостоятельно. Остальные четверо пострадавших или вовсе не получили травм или смогли со временем восстановиться. К сожалению, на карьере Мандрыкина произошедшее поставило крест.