Федеральная служба безопасности России (ФСБ) возбудила уголовное дело в отношении Пономарёва и других неустановленных лиц. Им инкриминируются статьи 278 УК РФ (насильственный захват власти или насильственное удержание власти) и части 1 и 2 статьи 205.4 УК РФ (организация террористического сообщества и участие в нём).
Основанием для возбуждения дела стали достоверные данные о создании Пономарёвым в ноябре 2022 года в Польше политического движения "Съезд народных депутатов" (СНД). В апреле 2023 года Генеральная прокуратура РФ признала деятельность этого движения нежелательной на территории России.
Федеральная служба безопасности (ФСБ) заявляет, что целью СНД является насильственный захват власти и изменение конституционного строя Российской Федерации. По информации ФСБ, для достижения этой цели Пономарёв вступил в контакт с одним из украинских военизированных формирований, признанным террористическим.
В период с 2022 по 2024 годы Пономарёв организовал семь сессий СНД, на которых присутствовало более 60 делегатов — бывших российских парламентариев разного уровня. На этих заседаниях было разработано и принято более 30 антиконституционных нормативно-правовых актов, среди которых Конституция "новой России", "О переходном парламенте", "О движении сопротивления" и другие.
Пономарёв представляет СНД западным странам как "новое правительство России в изгнании" и стремится к его признанию.
ФСБ проводит следственные действия в отношении Пономарёва и его сообщников, обещая, что все виновные будут привлечены к ответственности.
Следует отметить, что Пономарёв уже был заочно осуждён в России, арестован и объявлен в розыск. 2-й Западный окружной военный суд приговорил его к 10 годам лишения свободы по обвинению в распространении заведомо ложной информации о применении Вооружённых сил РФ и публичных призывах к террористической деятельности.
В феврале 2024 года Федеральная служба безопасности возбудила против Пономарёва новое уголовное дело по статьям о государственной измене, участии в террористической организации, публичных призывах к терроризму и призывах к действиям, направленным против безопасности Российской Федерации.